Un dos obxectivos máis ambiciosos da Directiva 92/43/CEE é a creación dunha rede ecolóxica coherente, a Rede Natura 2000, formada polos lugares declarados en conformidade coa Directiva 79/409/CEE, como Zonas de Especial Protección para as Aves ZEPA (Special Protection Area SPA), así como daquelas designadas para a conservación dos hábitats do Anexo I e das especies de flora e fauna silvestre do Anexo II da propia Directiva 92/43/CEE, designadas na súa fase inicial como Lugares de Importancia Comunitaria LIC (Sites of Community Importance SCI), e na súa fase final como Zona Especial de Conservación ZEC (Special Area of Conservation SAC).

A designación dun territorio como ZEPA realízase tras a avaliación da importancia do lugar para a conservación dos hábitats das aves (artigo 4 da Directiva 79/409/CEE), incluídas no anexo I da Directiva Aves, e consta unicamente dunha etapa. Isto implica que os lugares designados como ZEPA se integran directamente na rede Natura 2000. 

No tocante á designación dos LIC e ZEC, o artigo 4 da Directiva 92/43/CEE deseña un protocolo que inclúe tres etapas.

A primeira etapa consistiu na elaboración dunha lista de lugares co fin de ser designados como Lugares de Importancia Comunitaria (LIC), realizada de acordo cos requirimentos técnicos establecidos no Anexo III da DC 92/43/CEE, e a partir da información científico-técnica dispoñible en cada territorio. Para cada unha das Rexións Bioxeográficas, propóñense un conxunto de áreas concretas, designadas como pLIC (pSCI = proposed Site of Community Importance) que engloban tipos de hábitats naturais enumerados no Anexo I da DC 92/43/CEE, e tipos de hábitats de especies autóctonas de flora e fauna, enumeradas no Anexo II da mencionada normativa.

Esta proposta inicial de Lugares de Importancia Comunitaria foi sometida a avaliación polos equipos técnicos da Dirección Xeral de Medio da Comisión Europea, solicitándose información adicional sobre os espazos propostos, así como formulando a necesidade de incrementar os existentes ou crear novos espazos, co fin de garantir o cumprimento dos obxectivos establecidos pola DC 92/43/CEE.

Na segunda etapa a Unión Europea aproba os diferentes listados de Lugares de Importancia Comunitaria de común acordo cos Estados Membros. Esta fase iníciase no ano 2002, co listado da Rexión Bioxeográfica Macaronésica, proseguiu co da Rexión Bioxeográfica Atlántica no ano 2004 (Decisión da Comisión de 7/12/2004. DOUE, 29/12/2004) e finalmente o da Rexión Bioxeográfica Mediterránea no ano 2006 (Decisión da Comisión de 19/07/2006. DOUE 21/9/2006).

Segundo os datos achegados pola Dirección Xeral de Medio Ambiente da Comisión Europea a finais do ano 2021, a Rede Natura 2000 está conformada por máis de 27.000 lugares, ocupando máis de 1 millón de km2 que representan o 18% da superficie  terrestre e o 4% da superficie mariña da Unión Europea (EUR27). Incluíndo 3.372 ZEPA, cunha superficie de 823.362 Km2, estando representado en 894 ZEPA medios mariños, que representan unha superficie de 298.324 Km2. En canto aos LIC, o seu número ascende a 23.659, que engloban unha superficie de 940.510 Km2, estando representados os medios mariños en 2.027 LIC, abranguendo unha superficie de 350.570 Km2.

A terceira etapa, establecida no artigo 4.2 da DC 92/43/CEE consiste na designación dos Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) como Zona Especial de Conservación (ZEC). No artigo 1, letra l, da Directiva defínese a ZEC como un Lugar de Importancia Comunitaria designado por los Estados miembros mediante un acto reglamentario, administrativo y/o contractual, en el cual se apliquen las medidas de conservación necesarias para el mantenimiento o el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los hábitats naturales y/o de las poblaciones de las especies para las cuales se haya designado el lugar”.

O artigo 4.4, da Directiva Hábitat dispón que, unha vez elixido un Lugar de Importancia Comunitaria conforme ao procedemento regulado no apartado 2 desta mesma disposición, o Estado membro de que se trate, dará ao devandito lugar a designación de ZEC o máis rapidamente posible e como máximo nun prazo de seis anos, fixando as prioridades en función da importancia dos lugares, para o mantemento ou o restablecemento, nun estado de conservación favorable, dun tipo de hábitat natural dos do Anexo I ou dunha especie das do Anexo II e para a coherencia de Natura 2000, así como en función das ameazas de deterioración e destrución que pesen sobre eles.